종근당이 2026년 2분기 매출액은 늘어났지만 영업이익과 순이익이 줄어들었다. 연구개발비 등 각종 비용과 상대적으로 마진이 낮은 공동판매 품목 비중 증가로 수익성이 악화된 반면, 이를 극복할 만한 반전 카드는 당분간 없어 보인다는 평가가 나온다. 

이 회사 김영주 대표이사 사장은 당분간 회사의 수익성을 최대한 방어하면서 신약 파이프라인 성과를 앞당기는 데 주력할 것으로 보인다. 

하반기에는 회사의 실적에 영향을 줄 수 있는 보건복지부의 ‘혁신형 제약기업’ 인증 심사와 식품의약품안전처의 ‘글리아티린’ 유효성 심의가 예정돼 있다. 이 두 이벤트가 ‘국면 전환’ 계기가 될지 아니면 ‘엎친 데 덮친 격’이 될지 관심이 모인다. 

3일 금융감독원 전자공시시스템에 따르면, 종근당은 2026년 2분기 잠정실적을 공시했다. 

이에 따르면 종근당은 2분기 별도기준 매출액 4754억 원, 영업이익 199억 원, 당기순이익 180억 원의 잠정실적을 기록했다. 전년 동기 대비 매출액은 10.7% 늘었지만 영업이익과 순이익은 각각 10.1%, 7.6% 줄어든 실적이다. 

이번에 연결기준 실적은 공개하지 않았는데, 종근당은 연결대상 종속기업의 실적 비중이 작아 연결과 별도 기준 실적이 큰 차이를 보이지 않는다.

종근당은 2분기 비만치료제 위고비(노보 노디스크), 위식도역류질환 치료제 펙수클루(대웅제약), 간질환 치료제 고덱스(셀트리온제약) 등 도입 품목의 판매가 늘어나면서 매출액이 상승했다. 

다만 원가율 상승에 따라 수익성은 뒷걸음질쳤다. 특히 ‘외형은 크는데 내실은 약해지는’ 흐름이 이번 분기에도 재확인되면서 영업이익률이 4%대 안팎에서 고착화되고 있다는 평가가 나온다. 

실제 종근당은 2025년 실적(연결기준) 기준으로 영업이익률 4.76%를 기록했고, 2026년 1분기에는 3.15%로 더 낮아졌다. 2분기 잠정실적으로도 영업이익률은 4.19%에 그쳤다. 

종근당은 제약업계 경쟁사들에 견줘 비교적 낮은 영업이익률을 보이고 있다. 이른바 ‘5대 제약사’로 불리는 업체들의 2025년 영업이익률을 보면 한미약품은 16.66%, 대웅제약은 12.53%, 유한양행 4.77%를 기록했다. GC녹십자(3.47%)만이 종근당에 뒤졌다. 

종근당의 수익성 악화는 R&D 투자와 신약 개발비용, 공동판매 품목 비중 등의 증가가 원인이 됐다는 평가가 나온다. 증권가에서도 지속적인 원가 부담에 따라 높은 원가율과 낮은 영업이익률이 당분간 지속될 것으로 예측한다. 

실제로 종근당의 R&D 비용은 계속 늘고 있다. 2024년 1574억 원이던 연구개발비는 2025년 1858억 원으로 증가했고 같은 기간 매출액 중 연구개발비 비중도 9.92%에서 10.98%로 높아졌다. 2026년 1분기에는 500억 원을 투입해 11.17%의 연구개발비 비율을 기록했는데, 이는 2025년 1분기(388억 원, 9.69%)에 견줘 크게 높아진 것이다.  

이와 함께 종근당은 6월 시흥 배곧지구에 대규모 바이오의약품 복합 연구단지 시설투자를 확정했다. 발표된 투자액은 3925억 원이지만, 2025년 8월 이뤄진 부지 매입 비용 949억 원을 더하면 5천억 원에 달하는 규모다. 연구단지는 2028년 8월 준공을 목표로 하고 있는데, 당분간 관련 비용 증가가 불가피한 상황이다. 

문제는 회사의 수익성을 단기간에 높일 만한 모멘텀이 없다는 것이다. 

종근당의 신약 중 비교적 짧은 기간 내 실적에 기여할 수 있는 품목은 글로벌 제약사 노바티스에 기술 수출한 ‘CKD-510’이 꼽힌다. 앞으로 임상 진행 상황에 따라 마일스톤을 받을 가능성이 높기 때문이다.

CKD-510은 HDAC6(히스톤디아세틸화효소6) 저해제로 개발된 심율동 조절 치료제로, 종근당은 2023년 11월 계약금 8천만 달러를 포함한 총 13억5백만 달러(약 1조7천억 원) 규모로 기술이전에 성공했다. 노바티스는 2025년 5월 임상 2상 시험계획(IND)을 미국 식품의약국(FDA)에 제출했고, 그해 4분기 본격 임상에 돌입했다. 종근당은 노바티스의 2상 IND 제출에 따른 마일스톤 5백만 달러를 수령했다. 2상 임상은 2027년 9월 마무리될 예정이다. 

이 밖에 다른 신약 파이프라인으로는 이상지질혈증 치료제 CKD-508, 고형암 치료제 CKD-512, 비소세포폐암 치료제 CKD-702, 고형암 치료제 CKD-703 등이 있는데, 모두 임상 1상 또는 1/2a상이 진행 중이서 단기 성과는 기대하기 어렵다. 다만 추가 기술수출이 가능할 수는 있다. 

아울러 현재 유럽에서 임상 1상이 진행 중인 중증 건선 등 면역질환 치료제 스카이리지 바이오시밀러(CKD-704), 아토피 치료제 듀피젠트 바이오시밀러(CKD-706)가 있는데, 최근 바이오시밀러 규제 완화 추세를 감안해도 1~2년 안에 실적 반영은 어려워 보인다. 

증권가에서도 종근당 실적의 단기적인 반전은 어렵다고 평가한다. 허혜민 키움증권 연구원은 최근 리포트에서 “단기 실적 및 주가 측면에서 모멘텀 공백이 이어질 가능성이 높다”고 언급했다. 정재원 iM증권 연구원도 “CKD-510의 임상 2상 결과 업데이트 시점 이전까지는 동사의 기업가치 측면에서 R&D 모멘텀을 크게 반영할 수 없다는 점에서 주가 상승은 제한적이라는 판단”이라고 평가했다. 

◆ 하반기 혁신형 제약기업 인증 및 글리아티린 유효성 평가 변수

이 같은 상황에서 종근당은 2026년 하반기 두 가지 커다란 이벤트를 앞두고 있다. ‘혁신형 제약기업’ 인증 재도전과 식약처의 ‘글리아티린’ 유효성 평가가 그것이다. 

종근당이 이 두 이벤트를 무사히 통과해 관련 리스크를 털 수 있을지가 관전 포인트다. 

우선 보건복지부는 7월30일 혁신형 제약기업 인증제 개편안을 확정하고 이달 18일부터 9월18일까지 제약사들의 인증 신청을 받을 예정이다. 인증에 대한 심사는 연내 마무리될 것으로 보인다. 

이번 혁신형 제약기업 인증은 제네릭 약가 개편으로 중요해졌다. 보건복지부가 오리지널 의약품 대비 제네릭 약가를 최고 53.55%에서 45%로 낮추는 내용의 약가 개편안을 8월1일부터 본격 시행하면서다. 혁신형 제약기업은 최대 60%, 준혁신형 제약기업은 50% 수준의 약가를 인정받으며, 계단식 약가 인하에서도 각각 4년, 3년의 유예기간이 부여되는 등 혜택을 받게 된다. 

앞서 종근당은 2024년, 3년마다 있는 혁신형 제약기업 인증 연장심사에서 탈락했고, 이로 인해 9개 품목의 약가를 인하해야 하는 불이익을 겪었다. 당시 구체적인 탈락 사유가 공개되지 않았지만, 과거 2010년대에 이뤄진 리베이트 관련 행정처분을 받은 이력이 원인이 된 것으로 추정됐다. 

다만 이번에 변경된 인증제 개편안에 따라 종근당의 재인증 가능성이 높아졌다는 전망이 나온다. 리베이트 결격사유 판단 기준이 기존 ‘행정처분일’에서 ‘위반행위 종료일’로 변경됐기 때문이다. 5년 이전에 완전히 끝난 과거의 리베이트 행위가 심사 대상에서 원천 제외되면서 종근당이 해당될 가능성은 낮아졌다. 

아울러 정부는 매출 1천억 원 이상의 제약사가 혁신형 제약기업 지위를 유지하기 위한 R&D 비율을 기존 5%에서 7%로 상향했는데, 종근당은 새로운 정부 기준 역시 여유롭게 넘어선다. 

종근당에게는 하반기 실시될 것으로 보이는 식약처의 글리아티린(성분명 콜린알포세레이트) 약물 유효성 심의도 중요하다. 

글리아티린은 치매 및 인지기능 개선제로, 종근당은 2016년 오리지널 제약사인 ‘이탈파마코’로부터 콜린알포세레이트 판권을 인수해 판매 중이다. 콜린알포세레이트 제네릭을 ‘글리아타민’이라는 이름으로 판매하고 있는 대웅바이오가 경쟁사다. 

그런데 2019년 국회와 시민단체 등에서 ‘콜린제제’의 임상적 유효성을 증명하는 과학적 근거가 부족하다는 문제 제기가 계속됐다. 콜린제제는 글리아티린과 글리아타민 등 콜린알포세레이트 약품을 포괄하는 말이다. 이에 식약처는 2020년 두 제약사에 임상 재평가 명령을 내렸고, 종근당과 대웅바이오는 2021년부터 각각 퇴행성·혈관성 경도인지장애 임상과 치매(알츠하이머) 환자 대상 임상을 나눠 맡아 임상을 진행했다. 

하지만 최근 마무리된 종근당의 임상에서는 1차 평가지표(위약 대비 인지기능 유지·개선 비율)가 목표치에 미달한 것으로 나왔다. 다만 하위 보조분석 결과에서 유효성이 확인되면서 변수로 떠올랐는데, 임상 계획을 철저히 준수하고 약물을 일정 수준 이상 제대로 복용한 환자군(PPS)만 따로 분석했을 때는 콜린제제 투여군의 인지기능 유지·개선 비율이 위약군보다 높게 나타나 통계적 유의성 기준을 충족했다. 아울러 투약 기간이 길어질수록 치료 효과가 높아질 가능성도 확인됐다. 

이에 따라 식약처가 약물 유효성 심의에서 최종적으로 어떤 판단을 내리는가가 관건이 됐다. 식약처가 적응증 삭제(효능 취소)를 결정할 경우 종근당은 임상기간(2021~2026) 동안의 건강보험 처방액 중 일부를 반환해야 할 수도 있다. 아울러 향후 글리아티린 판매에도 적잖은 타격을 입게 된다.

반면 식약처가 유효성을 인정해 주는 경우 기존에 쌓아둔 환불부채가 환입돼 하반기 실적이 크게 좋아지는 ‘어닝 서프라이즈’를 실현할 수도 있다. 

2025년 말 기준 종근당은 887억 원의 환불부채를 반영한 것으로 확인된다. 또 2025년 기준 종근당의 글리아티린 매출액은 806억 원으로 매출액 중 비중이 4.76%에 이른다.