김대중평화센터는 2002년 6월 29일 발생한 제2연평해전에 대한 북한의 사과가 없었다는 보수 진영 일각의 주장과 관련, "북한은 그 해 7월 25일 남한의 통일부 앞으로 전통문을 보내 공개 사과했다"고 반박했다.

김대중센터는 5일 보도자료를 통해 이같이 밝히고 "북한이 우리 정부에 공개적으로 사과한 것은 당시가 처음이었다"고 설명했다.

당시 북한은 우리 정부에 보낸 전통문에서 "서해상에서 우발적으로 발생한 무력충돌 사건에 대해 유감스럽게 생각하면서 북남 쌍방은 앞으로 이러한 사건이 재발되지 않도록 공동의 노력을 기울여야 할 것으로 간주한다"고 밝힌 바 있다.

김대중센터는 또 "김대중 전 대통령은 북한과의 전투 과정에서 숨진 전사자들의 영결식이나 장례식에 참석하지 않는 관례에 따라 영결식에는 참석하지 않았지만 당시 총리들을 영결식장에 참석하도록 했다"며 "이는 이전 정부 시절에도 마찬가지였다"고 밝혔다.