지난 10월 5일, KBS 공영노동조합은 성명서를 통해 김제동의 출연료를 지적했다. 김제동은 현재 월요일부터 목요일까지 KBS 1TV ‘오늘밤 김제동‘에 출연중이다. KBS공영노조는 ”‘오늘밤 김제동’의 (김제동) 출연료가 회당 350만 원인 것으로 알려졌다. 월~목 진행하므로 한 주에 1천400만원, 한 달을 4주로 잡아도 5천600만원을 받아간다”며 “KBS는 올 8월까지 영업이익이 441억 원 적자로 경영위기 상황이다. 이런데도 김제동 씨에게 이렇게 많은 출연료를 지급하고 있다”고 지적했다. 또한 “KBS의 예산은 국민들의 피와 땀이라 할 수 있는 수신료가 주요 재원인데 이념과 정파성이 맞으면 회사 경영상황이나 시청률과는 상관없이 마구 줘도 되는가”라고 비판했다.

김제동의 출연료는 앞서 MBC 공정방송노동조합이 지적한 ‘스트레이트’ 출연자 주진우 기자의 출연료(회당 600만원)와 맞물려 논란을 일으켰다.

이에 대해 김제동은 10월 12일, ‘경향신문’과 인터뷰를 통해 출연료에 대한 입장을 밝혔다. 인터뷰에서 먼저 그는 ‘오늘밤 김제동’의 진행을 맡게 된 이유에 대해 ”예능프로그램 섭외도 많이 들어왔지만 다 거절하고 이 프로그램의 진행을 수락했다”며 ”잘 안되더라도 후배들에게 새로운 길을 열어주고 싶었다”고 말했다.

또한 출연료에 대해서는 다음과 같이 말했다.

″나는 스탠드업 코미디를 200회 이상 해온 베테랑 방송인이다. 몸값은 방송국에서 책정하는 것인데 적게 주세요, 할 수는 없는 것 아닌가. 받는 만큼 베풀기 때문에 당당하다. 세금 제대로 내는 건 기본이고 재해가 나면 즉각 기부금을 보내고, 미얀마의 어린이들을 위해 학교도 짓고 있다. 저를 비판하는 신문사에도 좋은 취지의 행사를 연다고 해서 억대의 돈을 후원했다.”

김제동의 출연료 논란에 대해 KBS는 ”김제동의 출연료는 조직 내부에서 절차를 밟아 결정됐으며 적정 여부에 대해서도 내부 감사를 거쳤다”고 밝힌 바 있다.