청와대 윤영찬 국민소통수석은 기무사 개혁안과 관련해 3일 브리핑을 열고 ”문재인 대통령은 기무사개혁위원회와 국방부의 기무사개혁안을 모두 검토하고, 현재의 기무사를 해편(解編)하여 과거와 역사적으로 단절된 새로운 사령부를 창설하도록 지시했다”며 ”이를 위해 ‘새로운 사령부 창설준비단 구성’과 ‘사령부 설치의 근거규정인 대통령령 제정’을 최대한 신속히 추진하도록 지시했다”고 밝혔다

문재인 대통령은 또 국방부장관의 제청을 받아 기무사령관에 남영신 육군특전사령관을 임명했다. 이어 기무사령관에게 기무사 댓글공작 사건, 세월호 민간인사찰, 그리고 계엄령 문건 작성 등 불법행위 관련자를 원대복귀시키도록 지시했다. 또 신속하게 비군인 감찰실장을 임명하여 조직내부의 불법과 비리를 철저히 조사하고 합당한 조치를 취할 것 또한 지시했다.

신임 기무사령관 남영신은 학군 23기로 특전사령관, 3사단장, 학생군사학교 교수부장, 7공수여단장 등을 역임했다. 청와대는 남영신에 대해 ”고객마인드를 개혁마인드를 바탕으로 한 업무 추진 능력이 뛰어나며 솔선수범과 합리적인 성품으로 상하 모두에게 신망받고 있는 장군으로서 기무사 개혁을 주도하고 추진할 적임자”라고 설명했다.