10월 12일, 청와대가 국가위기관리센터 캐비넷에서 국가위기관리기본지침을 불법으로 변경한 자료를 발견했다고 발표했다. 원래 기존지침은 “ 국가안보실장은 대통령의 위기관리 국정수행을 보좌하고 국가차원의 위기관리 고관련 정보 분석 평가, 종합국가위기관리 업무의 기획 및 수행체계 구축등 위기관리상황의 종합관리 업무를 수행하고, 안정적 위기관리를 위해서 컨트롤타워 역할을 한다”고 되어있었는데, “국가안보실장은 국가위기관련 대통령의 안정적 국정수행을 보좌한다”고 불법 변경되어 있었다는 것이다.

또한 “국가안보실장은 안보, 재난 분야별로 위기징후 목록 및 상황정보를 종합,관리한다”고 정해진 기존 지침은 “국가안보실장은 안보분야, 안전행정부장관은 재난분야”를 관리한다고 불법 변경되어 있었다. 청와대는 이 지침이 불법변경되어 전 부처에 하달된 시점이 2014년 7월 31이라고 밝혔다.

이 지침이 불법 변경된 것이라면, 과거 김장수 국가안보실장과 민경욱 청와대 대변인, 김기춘 청와대 비서실장이 했던 증언 또한 의심해 볼 수 밖에 없는 상황이다.

세월호 참사가 발생했던 지난 2014년 4월, 언론보도를 통해 당시 김장수 국가안보실장이 청와대의 재난 컨트롤 타워란 내용이 알려지자, 김장수 실장은 민경욱 청와대 대변인의 브리핑을 통해 “그건 오보”라고 규정했다. 당시 ‘경향신문’에 따르면, 당시 민경욱 대변인이 한 말은 아래와 같다.

“김 실장이 청와대 재난 컨트롤 타워라는 보도는 오보다. 국가안보실은 안보·통일·정보·국방 분야를 다루며 자연재해(와 같은 재난상황이)가 났을 때 컨트롤타워는 아니다.국가안보실의 국가안전보장회의(NSC)는 재난 상황에 대한 정보도 빨리 알 수 있는 여건이 갖춰져 있다. NSC의 역할은 정보를 습득해서 각 수석실에 전달해주는 것이지 재난상황의 컨트롤타워라는 지적은 맞지 않다.국가안전보장회의는 국가안보와 관련해서 해야할 일이 많은 부서다. 왜 안보실이 모습을 안 드러내느냐는 지적은 적절하지 않다.”

그로부터 3개월 후인 2014년 7월, 김기춘 비서실장은 국회 '세월호 침몰사고 국정조사 특별위원회'의 청와대 비서실·국가안보실 기관보고에 출석해 다음과 같이 말했다.

"재난 및 안전관리기본법에 의하면 재난의 최종 지휘본부는 안행부(안전행정부) 장관이 본부장이 되는 중앙재난대책본부장이다. 일반적 의미로 청와대가 국정 중심이니까 그런 의미에서 컨트롤타워라면 이해된다. 청와대는 국가원수인 대통령이 있으므로 대한민국 모든 일에 대해 청와대가 지휘하지 않느냐는 뜻에서 그런 말이 나왔겠지만 법상으로 보면 재난 종류에 따라 지휘·통제하는 곳이 다르다.”

10월 12일 청와대는 김기춘 실장이 이렇게 말하고 난 후, 바로 국가위기관리기본지침에 빨간색 줄이 그어지고, 손글씨로 수정되어 지침이 변경됐으며 7월 말에 전 부처에 하달됐다고 설명했다. 김기춘 비서실장의 ‘거짓말’을 진실로 만들기 위해 급하게 지침을 변경한 것으로 밖에 볼 수 없는 상황이다.