국가정보원이 김성욱 한국자유연합 대표를 통해 민간 여론조작 조직인 ‘알파팀’을 운용하는 과정에서 이른바 ‘클릭수’를 올리는 프로그램을 안내하거나 여론전에 쓸 내용을 직접 제작해 제공하면서 실질적으로 운영에 직접 개입한 정황이 추가로 확인됐다. 국정원은 직접 교육 자료를 제공해 북한 정세와 관련한 교육을 실시하기도 했다.

2008년부터 2009년까지 알파팀에서 활동한 ㄱ씨가 제공한 자료를 보면, ‘마스터’라는 암호명으로 불린 김 대표는 알파팀원들에게 2009년 1월 전자우편을 통해 “아래 프로그램 어떻게 쓴 것이냐? (학교에서 온 것이다)”라는 내용으로 ‘방문자 카운트 증가 프로그램’을 첨부해 보내 의견을 물었다. 여기서 ‘학교’는 알파팀이 국정원을 부를 때 쓴 암호명이다. 전자우편에 첨부된 프로그램은 ‘VEX(Visitor Exchanger)’로, 원하는 사이트의 검색엔진 키워드 랭킹 순위를 올리는 트래픽 증가 프로그램이다. 이는 국정원 요원으로 추정되는 인물에게서 온 것을 팀원들에게 전달한 것으로 메일에는 “방문자 증가 프로그램을 인터넷에서 다운받아 사용해보았는데 효과가 좋은 것 같다. 사용하길 바란다”는 내용이 담겨 있다. 실제 알파팀은 프로그램 조회수를 올리는 기술 전수를 위해 2009년 1월초 서울 광화문의 한 오피스텔에서 모임을 열기도 했다.

국정원은 같은 해 1월 ‘곧 드러날 민주당과 MBC의 야합’이라는 문건을 김 대표를 통해 전달하기도 했다. 당시 방송법 개정과 관련해 민주당 등 야권이 국회 본회의장 점거에 돌입한 상황에서 <문화방송>(MBC)이 야권에 유리하도록 편파보도를 할 것이라며 공격하는 내용을 담고 있다. 알파팀은 이 글이 전달된 이튿날 포털 사이트 다음 아고라 게시판과 <오마이뉴스> 블로그에 오타까지 똑같은 내용을 그대로 올려 논쟁을 유도했다.

또 김 대표는 2008년 12월 국정원에서 제공한 것으로 보이는 ‘최근 북한의 대남 강경조치와 북한 내부사정’이라는 제목의 문건을 “학교에서 참고용 자료를 보냈다”며 알파팀에 제공하기도 했다. 문건에는 △북한의 ‘시장’에 대한 거부감 △북한의 대남 기대 심리 △김정일 건강이상 등이 담겨 있다.